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Tipo de material : bachelorThesis
Título : Análisis de la variabilidad genética de la colección del piñón (Jatropha curcas l.) del INIAP con marcadores SSR-EST
Autor : Lascano Valarezo, Luis Felipe
Tutor : Morillo Velasteguí, Luis Eduardo
Palabras clave : GENÉTICA;DIVERSIDAD GENÉTICA;PIÑÓN
Fecha de publicación : 2020
Editorial : Quito: Universidad de las Américas, 2020
Citación : Lascano Valarezo, L. F. (2020). Análisis de la variabilidad genética de la colección del piñón (Jatropha curcas l.) del INIAP con marcadores SSR-EST (Tesis de pregrado). Universidad de las Américas, Quito.
Resumen : Jatropha curcas comúnmente conocido como piñón es una planta de la familia Euphorbiaceae, que tiene un alto porcentaje de aceite en sus semillas. Sus propiedades llaman la atención para la producción de biodiesel. Al no encontrase domesticada, los programas tanto de mejoramiento genético como de reproducción se encuentran muy limitados. Una base genética sólida es necesaria, por lo que es primordial obtener más información que caracterice las accesiones y brinden información importante. Las secuencias SSR (Simple Sequence Repeats), STR (Short Tandem Repeats) o microsatélites, se encuentran comúnmente en el genoma de eucariotas y en ciertos procariotas. Su forma de repetición y su frecuencia en el genoma se diferencia en cada individuo de una especie debido a su alta mutabilidad, por esto son altamente recomendadas para caracterizar genéticamente a las plantas. En el presente estudio se realizó el genotipaje de 163 accesiones de la colección de piñón del INIAP, con el uso de 22 microsatélites EST-SSR y la metodología M13-tailing. Se obtuvo una matriz genotípica, de la cual se realizaron diferentes análisis estadísticos, de estructura y de diversidad genética. Los promedios de heterocigosis esperada y heterocigosis observada obtenidos fueron de (0.319) y (0.230) respectivamente, lo que indica un alto nivel de endogamia. El promedio del índice de contenido de información polimórfica (PIC) en todas las muestras fue de (0.257). Se identificó un total de 16 accesiones similares en el análisis de paridad, la mayoría proveniente de Manabí. El análisis de estructura dividió a las accesiones estudiadas en dos poblaciones G1 y G2, junto a la presencia de muestras intermedias entre las dos poblaciones. El análisis PCoA mostró que la población G1 fue muy dispersa, con un mayor número de muestras, en el dendrograma UPGMA no se pudo definir subgrupos claros y los valores bootstraps no fueron mayores a 50 en su mayoría. La población G2 fue menos dispersa con menor cantidad de muestras, no presentó subgrupos definidos en el dendrograma y también presento valores bootstraps bajos. Se realizó un segundo estudio con análisis PCoA, dendrograma UPGMA y AMOVA con las muestras que presentaron un valor Q (Pertenencia estimada para cada individuo en una población) más altos y bajos. Los resultados del PCoA agrupo de mejor manera a las accesiones de piñón en las dos poblaciones, quitando a las accesiones intermedias que se encontraban antes. Se logró identificar a subgrupos en ambas poblaciones en el dendrograma UPGMA, a pesar de esto, los valores bootstraps siguieron siendo muy bajos. El AMOVA indico que existe mayor variabilidad dentro de las poblaciones y menor entre ellas. Fis y Fit fueron positivas con valores bastante altos ambas indicando un alto nivel de monogamia en las accesiones de piñón.
Descripción : Jatropha curcas commonly known as pine nut is a plant of the Euphorbiaceae family, which has a high percentage of oil in its seeds. Its properties attract attention for the production of biodiesel. Since it is not domesticated, both breeding and breeding programs are very limited. A solid genetic base is necessary, so it is essential to obtain more information that characterizes the accessions and provides important information. The sequences SSR (Simple Sequence Repeats), STR (Short Tandem Repeats) or microsatellites, are commonly found in the eukaryotic genome and in certain prokaryotes. Its form of repetition and its frequency in the genome is different in each individual of a species due to its high mutability, so they are highly recommended to genetically characterize plants. In the present study, the genotyping of 163 accessions of the INIAP sprocket collection was performed, using 22 EST-SSR microsatellites and the M13-tailing methodology. A genotypic matrix was obtained, from which different statistical, structure and genetic diversity analyzes were performed. The average expected heterozygous and heterozygous observed were (0.319) and (0.230) respectively, indicating a high level of inbreeding. The average polymorphic information content index (PIC) in all samples was (0.257). A total of 16 similar accessions were identified in the parity analysis, the majority coming from Manabí. The structure analysis divided the accessions studied into two populations G1 and G2, together with the presence of intermediate simples between the two populations. The PCoA analysis showed that the G1 population was very dispersed, with a larger number of samples, in the UPGMA dendrogram it was not possible to define clear subgroups and the bootstraps values were not greater than 50 mostly. The G2 population was less dispersed with fewer samples, no subgroups defined in the dendrogram and also had low Bootstrap values. A second study with PCoA analysis, UPGMA dendrogram and AMOVA was carried out with the highest and lowest Q samples (Estimated membership for each individual in a population). The results of the PCoA better grouped the pinion accessions in the two populations, removing the intermediate accessions that were before. It was possible to identify subgroups in both populations in the UPGMA dendrogram, despite this, bootstraps values remained very low. The AMOVA indicated that there is greater variability within the populations and les among them. Fis and Fit were positive with quite high values both indicating a high level of monogamy in the pinion accessions.
URI : http://dspace.udla.edu.ec/handle/33000/1192
Aparece en las colecciones: Ingeniería en Biotecnología

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