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Tipo de material : bachelorThesis
Título : Análisis evolutivo de retrovirus endógenos en mamíferos a partir del estudio comparado de secuencias
Autor : Ocaña Escobar, Wilde Agustín
Tutor : Armijos Jaramillo, Vinicio Danilo
Palabras clave : ORTOLOGÍA;GENÉTICA;PLACENTA
Fecha de publicación : 2019
Editorial : Quito: Universidad de las Américas, 2019
Citación : Ocaña Escobar, W A. (2019). Análisis evolutivo de retrovirus endógenos en mamíferos a partir del estudio comparado de secuencias (Tesis de pregrado). Universidad de las Américas, Quito.
Resumen : La placentación es un proceso de vital importancia durante la formación del feto, la comprensión de este proceso en los mamíferos placentarios y sus diferencias con los procesos en mamíferos no placentarios son un conocimiento clave para resolver diversos problemas presentes durante una placentación defectuosa. Se ha establecido el posible rol de los retrovirus endógenos en la placentación, estos hacen frente al sistema inmune de la madre dando paso a su desarrollo. La invasión de la placenta da lugar a la respuesta inmune de la madre frente a un cuerpo “extraño” en su interior. Este órgano sufre diversos cambios morfológicos en solo 9 meses, esta capacidad adaptativa de la placenta parece estar influenciada por la presencia de retro elementos como lo son los retrovirus. La placenta es un órgano que presenta un inusual mecanismo de parasitismo al invadir el útero de la madre. Ya se han reportado elementos de origen viral inmersos en este proceso, un ejemplo son las glicoproteínas específicas de placenta con capacidad fuso génica conocidas como la sincitina. El origen viral de estas proteínas difiere entre mamíferos placentarios y diversos estudios ya han establecido la especificidad de linaje de los retrovirus endógenos (ERVS). La alta cantidad de retro elementos presentes en los diferentes genomas hacen necesario encontrar métodos de análisis eficientes en tiempo y recursos. El objetivo de este estudio fue encontrar retrovirus endógenos inmersos en la placentación, mediante programas de detección retroviral que permitiesen el análisis de 39 genomas de mamíferos para su posterior comparación. Con este fin se han detectado un total de 4728 secuencias retrovirales “completas”. Se procedió a agrupar por ortología los elementos retrovirales, encontrándose una relación entre especies hospederas filogenéticamente cercanas y los grupos de ortología. Esto sugiere que la inserción tuvo lugar en un ancestro común de dichas especies y más interesante aun es su posterior incorporación en el genoma como una secuencia funcional al no ser silenciada como la mayoría de los elementos retrovirales. Se analizaron algunos de los grupos de ortología obtenidos, se determinó la posición en el genoma de los elementos retrovirales y su cercanía a genes reportados previamente en placentación. Finalmente, se encontraron 5 genes con función demostrada en la placentación que podrían estar relacionados a la actividad retroviral, dejando la puerta abierta a la posible existencia de genes similares en función y origen a la sincitina.
Descripción : Placentation is a vitall process during the formation of the fetus, the understanding of this process in placental mammals and their differences with the processes in non-placental mammals are a key knowledge to solve various problems surrounding a defective placentation. The possible role of endogenous retroviruses in the placentation that face the mothers immune system has been established. The invasion of the placenta gives rise to the immune response of the mother to a strange body inside. This organ undergoes various morphological changes in only 9 months, this adaptive capacity of the placenta seems to be influenced by the presence of retroelements such as retroviruses. This organ evolves within a co-evolutionary arms race between the mother and the fetus, apparently the adaptive capacity of the placenta is highly influenced by the presence of retroelements such as retroviruses. The placenta is an organ that presents an unusual mechanism of parasitism by invading the uterus of the mother. Elements of viral origin immersed in this process have already been reported, an example are the placental-specific glycoproteins with fusogenic capacity known as syncytin. The viral origin of these proteins differs between placental mammals and several studies have already established the lineage specificity of endogenous retroviruses (ERVS). The high number of retroelements present in different genomes make it necessary to find efficient analysis methods in time and resources. The objective of this study was to find endogenous retroviruses immersed in the placentation, using retroviral detection programs that allowed the analysis of 39 mammalian genomes for later comparison. To this end, a total of 4728 complete retroviral sequences have been detected. The retroviral elements were grouped by orthology, finding a relationship between nearby host species and the orthology groups. This suggests an insertion in a common ancestor and its subsequent incorporation into the host's genome, as well as the possible function of said sequence as it is not silenced like most of the retroviral elements. To verify this, some of the groups obtained were analyzed, for which the position in the genome of the retroviral elements and their proximity to genes previously reported in placentation was determined. We found 5 placental genes that could be related to retroviral activity.
URI : http://dspace.udla.edu.ec/handle/33000/10601
Aparece en las colecciones: Ingeniería en Biotecnología

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