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http://dspace.udla.edu.ec/handle/33000/9080| Tipo de material : | bachelorThesis |
| Título : | Identificación molecular de especies de estreptomicetos aislados de suelos paperos de Carchi y Chimborazo |
| Autor : | Robalino Márquez, Sofía Andrea |
| Tutor : | Tapia López, Wilson David |
| Palabras clave : | CONTROL BIOLÓGICO;CULTIVOS VEGETALES;PAPA;CARCHI-ECUADOR;COTOPAXI-ECUADOR |
| Fecha de publicación : | 2018 |
| Editorial : | Quito: Universidad de las Américas, 2018 |
| Citación : | Robalino Márquez, S. A. (2018). Identificación molecular de especies de estreptomicetos aislados de suelos paperos de Carchi y Chimborazo (Tesis de pregrado). Universidad de las Américas, Quito. |
| Resumen : | En Ecuador, no se tiene información representativa específica que describa a nivel de especie la ecología, fisiología y presencia de estreptomicetos aislados de suelos. Sin embargo, a nivel de género, sí se ha reportado su acción antagónica ante Phytophthora infestans y Rhizoctonia solani, dos patógenos de cultivos de papa. El objetivo principal del proyecto fue identificar mediante biología molecular las especies de estreptomicetos aislados en el año 2009 de suelos paperos de Carchi y Chimborazo, reportadas como antagónicos frente a dichos patógenos y comparar con información del bioma de suelos de estas provincias en el año 2017. Para ello, se activaron las cepas liofilizadas con mayor capacidad antagónica y se aislaron, se extrajo el ADN y se usaron cebadores genéricos para verificar si pertenecían al género Streptomyces. Posteriormente, a partir de cebadores universales 1492R y 27F se realizó una secuenciación Sanger para el gen 16S ARNr y finalmente, una metagenómica de muestras actuales de suelos paperos de las mismas provincias. Las cepas que se aislaron después de la activación fueron C92, CH71, C41, C37, CH44, C72 y C75. Solo las cinco primeras cepas presentaron bandas del tamaño esperado para los cebadores genéricos AM45 1000pb y Actino 16S 350 pb. Las especies de las cepas fueron identificadas por secuenciación Sanger como Streptomyces sp., Streptomyces clavifer, Streptomyces griseochromogenes, Streptomyces anulatus, Streptomyces avermitilis, Bacillus pseudomycoides y Pseudomonas sp., respectivamente con porcentajes de identidad menores a 98.7 por ciento para C37, C72 y C75. En la metagenómica solo se obtuvo indicio de que la especie Streptomyces hygroscopicus puede estar presente con un porcentaje de identidad de 60 por ciento en los suelos paperos de Chimborazo. Se concluye que los cebadores genéricos permiten descartar especies no pertenecientes al género Streptomyces, los cebadores universales ayudan a identificar a nivel de especie en base al gen 16S ARNr y que la cepa C37, podría ser una línea nueva de la especie Streptomyces anulatus según su porcentaje de identidad. |
| Descripción : | In Ecuador, there is no specific representative information that describes the ecology, physiology and presence of streptomycetes isolated from soils at the species level. However, at the level of genus, its antagonistic action has been reported against Phytophthora infestans and Rhizoctonia solani, two pathogens of potato crops. The main objective of the present investigation was to identify, through molecular biology, the species of streptomycetes isolated in 2009 from paper soils of Carchi and Chimborazo reported as antagonists against the aforementioned pathogens and to compare them with soil biome information from these same provinces in 2017. For this purpose, lyophilized strains with higher antagonistic capacity were activated and isolated, the DNA was extracted, and generic primers were used to verify if they belonged to the genus Streptomyces. Subsequently, was carreid out a Sanger sequencing for the 16S rRNA gene out from universal primers (1492R and 27F) and a metagenomics of current samples of paper soils from the same provinces. Strains that were isolated after activation were C92, CH71, C41, C37, CH44, C72 and C75. Only the first five strains showed bands of the expected size for the generic primers AM45 (1000 bp) and Actino 16S (350 bp). The species of the strains were identified by Sanger sequencing as Streptomyces sp, Streptomyces clavifer, Streptomyces griseochromogenes, Streptomyces anulatus, Streptomyces avermitilis, Bacillus pseudomycoides and Pseudomonas sp., respectively and with identity percentages lower than 98.7percent for C37, C72 and C75. In metagenomics, only evidence was obtained that the Streptomyces hygroscopicus species may be present with a 60 percent identity percentage in Chimborazo potato crop soils. Concluding, the generic primers allow to discard species not belonging to the genus Streptomyces, the universal primers help to identify at the species level based on the 16S rRNA gene. The C37 strain, could be a new line of the species Streptomyces anulatus according to its percentage of identity. |
| URI : | http://dspace.udla.edu.ec/handle/33000/9080 |
| Aparece en las colecciones: | Ingeniería en Biotecnología |
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