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http://dspace.udla.edu.ec/handle/33000/10204| Tipo de material : | bachelorThesis |
| Título : | Estudio de agentes virológicos excretados por la población de Quito, mediante análisis de metagenoma de aguas superficiales urbanas |
| Autor : | Romero Carpio, Brigette Mishel |
| Tutor : | Guerrero Latorre, Laura |
| Palabras clave : | CONTAMINACIÓN DEL AGUA;CONTAMINANTES;AGUAS RESIDUALES |
| Fecha de publicación : | 2018 |
| Editorial : | Quito: Universidad de las Américas, 2018 |
| Citación : | Romero Carpio, B. M. (2018). Estudio de agentes virológicos excretados por la población de Quito, mediante análisis de metagenoma de aguas superficiales urbanas (Tesis de pregrado). Universidad de las Américas, Quito. |
| Resumen : | La cobertura de saneamiento en Ecuador es limitada y únicamente el 28,8 por ciento de las aguas residuales del país reciben tratamiento, descargando el resto directamente a ríos. Estas descargas representan uno de los mayores problemas ambientales de Quito, al recibir el aporte de microbiota de cada uno de los 2,2 millones de habitantes. En las aguas residuales hay gran diversidad patogénica, entre ellos los virus que tienen un papel importante en muchas enfermedades. Este estudio pretende analizar por metagenómica las especies virales excretadas por la población en las aguas residuales urbanas descargadas en los ríos Machángara y Monjas de la ciudad de Quito. En este estudio se seleccionaron tres puntos representativos de los ríos Machángara y Monjas que recibieron las principales descargas del sistema de alcantarillado de Quito. Se tomaron muestras de agua de 500 mL y se concentraron mediante floculación de leche desnatada. Después, se analizó la calidad microbiológica y se procesaron las muestras para secuenciación Illumina MiSeq. Para el ensamblaje de las lecturas de viromas se empleó CLC Genomics y se consultó la similitud de los contigs contra 3 bases de datos: GenBank, NCBI y UniProt. Finalmente, se tipificaron especies de interés y se analizó la filogenia. En las aguas altamente contaminadas de la ciudad de Quito se encontraron dos mil secuencias asociadas a virus y dentro de la diversidad de huéspedes asociados a virus identificados, 9 familias y 26 especies se vincularon a humanos. Entre las especies detectadas, la mayoría de virus se relacionaron con gastroenteritis: Aichivirus, Mamastrovirus, Bufavirus, Bocavirus, Cosavirus, Virus Sapporo, Mastadenovirus F y Salivirus. Además, se detectaron Echovirus 25 causante de meningitis aséptica, Gammapapillomavirus relacionado con lesiones cutáneas, Parechovirus agente etiológico de deterioro neurológico y Poliomavirus 1 vinculado con afecciones del tracto urinario. Se determinó también que las cepas de Echovirus 25 y Bufavirus 1 proceden de China y Burkina Faso, respectivamente. De esta forma se revela la diversidad de virus que circulan dentro de la población quiteña y se detallan agentes infecciosos descritos por primera vez en Ecuador y muy poco reportados en Latinoamérica. |
| Descripción : | Sanitation coverage in Ecuador is limited and only 28,8 percent of the country's wastewater is treated, with the rest discharged directly to rivers. These discharges represent one of the biggest environmental problems of Quito, receiving the microbiota contribution from each of the 2,2 million inhabitants. In wastewater there is great pathogenic diversity, among them the viruses that have an important role in many diseases. Therefore, the intention of this study is to analyze by metagenomics the viral species excreted by the population in the urban wastewater discharged in the Machangara and Monjas rivers of the city of Quito. In this study, three representative points of the Machangara and Monjas rivers were selected, which received the main discharges from the Quito sewer system. Water samples of 500 mL were taken and concentrated by flocculation of skimmed milk. Subsequently, the microbiological quality was analyzed and the samples were processed for Illumina MiSeq sequencing. For the assembly of the reads CLC Genomics was used and the similarity of the contigs against 3 databases was consulted: GenBank, NCBI and UniProt. Finally, the species of interest were typified and the phylogeny was analyzed. In the highly polluted waters of the city of Quito two thousand of virus were found and within the diversity of identified host associated with viruses, 9 families and 26 species were linked to humans. Among the species detected, most viruses were related with gastroenteritis: Aichivirus, Mamastrovirus, Bufavirus, Bocavirus, Cosavirus, Sapporo Virus, Mastadenovirus F and Salivirus. In addition, Echovirus 25, which causes aseptic meningitis; Gammapapillomavirus related to skin lesions; Parechovirus etiological agent of neurological deterioration; and Polyomavirus 1 linked with urinary tract disorders were detected. It was also determined that strains of Echovirus 25 and Bufavirus 1 come from China and Burkina Faso, respectively. In this way, the diversity of viruses circulating within the population of Quito are revealed; infectious agents are also described for the first time in Ecuador which few cases have been reported in Latin America. |
| URI : | http://dspace.udla.edu.ec/handle/33000/10204 |
| Aparece en las colecciones: | Ingeniería en Biotecnología |
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