Optimización de un sistema de qPCR para la cuantificación relativa de la metaloproteinasa 14 en pacientes diagnosticados con cáncer de pulmón

Abstract

El cáncer es una enfermedad multifactorial sobre la cual se han realizado varios estudios que se centran principalmente en el análisis de genes codificantes de proteínas que actúan en diferentes etapas del ciclo celular. Las metaloproteinasas (MMP’s) son endopeptidasas que tienen, entre otras funciones, la degradación de proteínas que forman parte de la matriz extracelular, activando factores de crecimiento, receptores de la superficie celular y moléculas de adhesión. Específicamente, MMP14 interviene en los procesos de remodelación de la matriz extracelular, mejorando la migración celular. En estudios realizados se ha encontrado que la sobreexpresión de esta proteína se relaciona con procesos pro-invasivos y pro-tumorogénicos, además que, la presencia del polimorfismo -165 G/T (rs1003349) ubicado en la región promotora del gen puede interferir en los niveles de expresión génica. El objetivo de este estudio fue optimizar un sistema de qPCR para la cuantificación relativa de la metaloproteinasa 14 en pacientes diagnosticados con cáncer de pulmón. Con este fin se obtuvo ARN de muestras sanguíneas de individuos sanos, además de ARN de muestras tumorales de cáncer de pulmón fijadas en formalina y embebidas en parafina (FFPE). Se sintetizó el ADNc y se realizó la optimización del sistema, tomando en cuenta factores como temperatura de hibridación/extensión, concentración de cebadores y eficiencia de los sistemas de qPCR para la amplificación de los fragmentos de los genes GAPDH y MMP14, tanto para muestras sanguíneas y FFPE. Las eficiencias obtenidas para la amplificación del fragmento del gen GAPDH en muestras sanguíneas y FFPE fueron del 93,22% y 72,57% respectivamente; mientras que, para la amplificación del fragmento del gen MMP14 en muestras sanguíneas y FFPE del 93,22% y 111% respectivamente. Se concluyó que los sistemas de qPCR que lograron ser optimizados son aquellos que obtuvieron una eficiencia entre 90- 100% y que aquellos que poseen una eficiencia mayor o inferior al rango establecido necesitan una reoptimización.